O‘zbekiston Respublikasi Sog‘liqni saqlash vazirligi, Oliy ta’lim vazirligi hamda Moliya vazirliklarining amaldagi ko‘rsatmalari, yo‘riqnomalariga asosan filial byudjet va byudjetdan tashqari xarajatlar smetasining bajarilishi bo‘yicha buxgalteriya hisobini to‘g‘ri tashkil etilishini ta’minlash;
-Filialning balansi, moliyaviy natijalar, asosiy vositalar harakati, pul oqimlari va o‘z sarmoyasi to‘g‘risidagi hisobotlarni hamda kreditorlik va debitorlik to‘g‘risidagi ma’lumotnomalari bo‘yicha buxgalteriya hisobotlarini yuritish va o‘z vaqtida topshirilishini ta’minlash;
-Filial tomonidan tuzilgan xo‘jalik shartnomalarining hisobini yuritish va ijrosi monitoringini olib borish;
-Filialda ishlovchi professor-o‘qituvchilar va xodimlar oylik ish haqlarini hamda talabalar stipendiyalarini o‘z vaqtida hisoblash va tarqatish;
-Byudjetga soliq va boshqa majburiy to‘lovlarni o‘z vaqtida to‘lash;
-Buxgalteriya bo‘limi O‘zbekiston Respublikasi Konstitusiyasi, qonunlari, Oliy majlis palatalarining qarorlari, Prezident farmonlari, qarorlari va farmoyishlari, Vazirlar Mahkamasining qarorlari va farmoyishlari, yuqori vazirliklar qarorlari va buyruqlari, filial qarorlari va buyruqlariga amal qiladi va o‘z faoliyatini shunga asosan tashkil qiladi.